Редкий образец южнорусского книжного искусства XIII в. пережил сложную жизнь. За время своего бытования рукопись переплеталась не менее трех раз, на что указывает количество зарубок на разворотах листов. Последний переплет XVI в. был осуществлен в Новгороде и, как не часто случалось для евангелий и евангельских чтений, на верхней крышке была написана икона со сценой Распятия (вместо распространенных металлических накладок или оклада). При этом широкие поля листов были обрезаны с трех сторон почти до текста.
Сам пергаментный блок рукописи пострадал меньше всего. Листы не подверглись сильной деформации и механическим разрушениям, но оказались очень загрязненными и покрытыми многочисленными каплями воска. Таким образом, основной проблемой была их очистка и распрямление. Для очистки пергамента была использована смесь бензина и спирта, чтобы не повредить меловому грунту, которым, как оказалось, была покрыта его поверхность.
Листы распрямлялись методом отдаленного увлажнения в сложенном виде, чтобы не затронуть корешок и сохранить небольшую толщину блока при его окончательном шитье. Блок сшивался цепочкой с использованием старых (первых) прорезей.
Самой разрушенной частью рукописи оказался переплет: верхняя крышка была расколота поперек непосредственно по поверхности живописного слоя иконы; доска и корешок отставали от блока; покрытие (синий холст) и паволока под ним обветшало; олифа на иконе потемнела до черноты.
Реставрация переплета проходила в несколько этапов с участием разных специалистов: вначале были склеены и укреплены доски; с трех сторон они были увеличены липовыми вставками; на доски наложена паволока из нового холста. Икона на поверхности доски была также отреставрирована: удалена потемневшая олифа, укреплен красочный слой. Далее обе доски были перекрыты поверх паволоки отреставрированным синим холстом. Окончательным этапом явилось изготовление латунных застежек по сохранившимся фрагментам и аналогам XVI в./